仁寿四年七月十三日，隋文帝在仁寿宫大宝殿去世，享年六十四岁。历史上对隋文帝的死亡原因颇有争议，有的史书上说他是正常死亡，还有的说他是被谋杀的。
《资治通鉴》上记载的隋文帝是正常死亡，隋文帝在仁寿四年的七月初，他准备到仁寿宫避暑，当时术士章仇太翼对隋文帝说，陛下请不要去仁寿宫，去了您就回不来了。可是隋文帝不信邪，偏要跟章仇太翼较这个劲儿。隋文帝坚持一定要去，命令手下把章仇太翼给抓起来，关到监狱里，并且还对他讲:等我回来那天我就处死你。
没想到隋文帝到了仁寿宫，果然就生病了，而且病情是逐日加重。到了七月十日的时候，隋文帝已经不行了。所以他就召见文武百官，躺在床上跟他们握手诀别，而且君臣是唏嘘流涕，场面非常伤感。面对此情此景。隋文帝终于想到了关在长安监狱里的章仇太翼了，他还给太子嘱咐:赶快把人家放了吧，我跟人家打赌我赌输了。
隋文帝如果要是死在仁寿宫，那可是在首都之外的地方，在古代来说可是很危险的事情。为了避免皇帝死后发生不测，发生政治动荡，这个时候，太子杨广就考虑到自己应该采取一些防范措施，以免皇上一死自己措手不及。当时杨广和杨素关系最好，他就给杨素写了一封密信，问他应该如何控制局面。杨素也就赶快给杨广回了一封密信，他把自己的想法，逐条全罗列在信上，让宫女去交给太子。可是也不知道是杨素没有说明白，还是宫女整天照顾病人给忙糊涂了。她就把这封本来要交给太子的信，就被糊里糊涂的送到了隋文帝杨坚手里。
隋文帝一看到那封信，当时就火冒三丈:我还没死呢，你们两个人就开始商量起我死后的事情了，总之来说当时隋文帝心里是非常不高兴。有一天早上，陈夫人出去更衣，忽然就惊慌失措，衣冠不整地跑回来了。隋文帝见状便问她发生了什么事情。陈夫人含着泪说道:太子非礼我。当时隋文帝可是刚刚看过不慎送到他手里的密信，本来就正在气头上，现在又听到陈夫人说太子想要非礼她，当时就气的是五雷轰顶。隋文帝当时就想:自己还没死的时候太子就要想着抢班夺权，而且居然还想要□□他的妃子，这可是衣冠禽兽啊。气的杨坚是直拍床板，同时大声叫到:独孤误我，这个畜生，我怎么能够把国家交托给他。隋文帝赶快把兵部尚书柳述和黄门侍郎元岩交了过来。跟他们讲:赶快去叫杨勇来。两个人听到皇帝这么说，就明白隋文帝心思有变，这个时候把杨勇叫来肯定是要进行废立之举，柳述和元岩自然是支持重新立杨勇为太子的，于是两人就赶快去写敕书去了。
杨素由于同杨广私传密信，惹怒了隋文帝，他当时就被隋文帝给屏蔽了。毕竟杨素还在仁寿宫，当时可以说正是他生死攸关的重要关头，他便在暗处监视着隋文帝的一举一动。当他听到隋文帝拍着床板大喊大叫时，他就知道情况不妙，他心里很清楚，如果这个时候隋文帝要是把杨勇召回来，那他可就死无葬身之地了。所以杨素就赶紧传话给太子杨广:遭了，皇帝心思有变，柳述等人正在起草敕书，打算重新召回杨勇，太子一定要赶快拿主意了。
杨广当时就吓出了一身冷汗，他知道如果这个敕书一出去，隋文帝把杨勇重新召回来的话，他十几年的努力就会功亏一篑了，这个时候杨广只能是先下手为强了。当时由于隋文帝病危，太子杨广已经接管了全盘工作，开始全面主持朝政了，于是他就马上凭着自己手里的大权，开始发号施令了。首先他以皇帝的名义逮捕柳述和元岩两个人，然后紧急调动东宫的军队，进驻仁寿宫，随即包围仁寿宫。同时让自己的手下宇文述，把仁寿宫所有的宫廷入口都给封住了。他又令右庶子张衡进入皇帝寝殿，控制隋文帝。最后他把伺候皇帝的宫女，妃子和宦官等一切闲杂人等全部逐出，关到其他宫殿里。这样杨广就把隋文帝杨坚给彻底囚禁了起来，切断了他和外界的一切联系。就在这种情况之下，也就在七月十三日的晚上，隋文帝就与世长辞了。正是因为有杨广关押隋文帝在先，所以人们不免要猜测一下儿，隋文帝有可能非正常死亡。当时司马光对于这件事也是没有给予明确定论，他只是说外界对此事儿是议论纷纷。当然也有史书上说隋文帝是被杨广安排人给毒死的。另外还有史书上说，是杨广派人将隋文帝给打死的。总之来说，隋文帝究竟是正常死亡，还是被杨广谋杀了，单凭史书上的记载，是无从判断真伪的。
那我们就从逻辑上分析，通鉴上曾记载隋文帝是看到杨广想调戏他的爱妃陈夫人，才勃然大怒，想要更换太子的。那我们就从空间上来分析，当时隋文帝和陈夫人当时都在仁寿宫，而太子杨勇可是在大兴城，中间还有相当远的一段儿距离呢。所以史书上讲杨广调戏陈夫人这件事儿完全是鞭长莫及，可以说是后人为了抹黑杨广才这样写的。当时杨广已经确立为太子，天分已定，再加上隋文帝当时已是生命垂危，他完全可以等到隋文帝死亡之后，自己顺理成章的去宠幸陈夫人。杨广完全没必要在那么关键的时刻，去干有悖人伦、大逆不道的事儿。再一点儿从人理方面分析，当时隋文帝已经是生命垂危了，在这关键时刻杨广应该是提前着手稳定大局，哪里还有心情和功夫去寻欢作乐。同时他应该很清楚等隋文帝死后，整个江山都是他的，包括那个陈夫人，他就是再猴急，也不会差那么几天。
我们还可以站在陈夫人的立场来考虑，在新老皇帝交替之刻，所有人都在想尽一切办法去傍上新皇帝这棵大树。陈夫人不会傻到面对送上门儿的机会，自己竟会主动去拒绝。换句话说，即使她当时特别厌恶，特别讨厌杨广，当她遭到杨广调戏时，她也不敢去到隋文帝那里去告状。她应该很清楚，她如果那样干，等隋文帝一升天，杨广一继位，杨广一定会第一时间就灭了她。所以综上所述，我认为隋文帝应该是正常死亡这种说法比较靠谱一些。
隋文帝究竟是怎么死的，我们已经无法考证。这些完全可以放在一边儿，这时候可以给隋文帝的一生来个盖棺定论了。总体来说隋文帝是个节俭自律，爱民如子的好皇帝。隋文帝每天都是早早地去上朝，工作到很晚还不下班儿。所有和他有关的生活用品，都以节俭为第一要务。他每天都是有素的不吃荤的，有旧的不穿新的。